宏轉(zhuǎn)錄組
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1 技術簡介
宏轉(zhuǎn)錄組學是在轉(zhuǎn)錄水平，以特定樣本中微生物群落的全部轉(zhuǎn)錄本為研究對象，分析微生物群落的基因表達與調(diào)控。宏轉(zhuǎn)錄組測序，避開了微生物的分離培養(yǎng)，并且有效剔除了死亡微生物的相關信息，為科研人員提供了從整體水平研究特定環(huán)境，特定時期微生物群落基因組轉(zhuǎn)錄情況以及轉(zhuǎn)錄調(diào)控規(guī)律的高效工具。
2 實驗流程
3 樣品準備
| 樣本類型 | 土壤/污泥 | 糞便 | 血液 |
| 樣本要求 | 5-10g | 3-5g | 10ml |
4.分析內(nèi)容（標準分析部分）
| 分析內(nèi)容 | 解決問題 |
| 原始測序數(shù)據(jù)質(zhì)量評估 | 過濾掉低質(zhì)量數(shù)據(jù)，保證數(shù)據(jù)質(zhì)量 |
| De novo從頭組裝 | 數(shù)據(jù)拼接 |
| 基因預測 | 進行基因預測及相關性分析 |
| 物種、功能注釋 | 物種、基因功能注釋及相關分析 |
| CARD | 耐藥相關基因相關分析 |
| CAZy-碳水化合物活性酶注釋 | 基因篩選和CAZy功能篩選等數(shù)據(jù)過濾 |
| 差異表達分析 | 菌在特定時間下的基因表達情況 |