宏病毒組
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1 技術(shù)簡介
病毒宏基因組測序又稱宏病毒組（Virome），是在宏基因組學(xué)理論的基礎(chǔ)上，結(jié)合現(xiàn)有的病毒分子生物學(xué)檢測技術(shù)而興起的一個(gè)新的學(xué)科分支。宏病毒組直接以環(huán)境中所有病毒的遺傳物質(zhì)為研究對(duì)象，能夠快速準(zhǔn)確的鑒定環(huán)境中所有的病毒組成，是一種發(fā)現(xiàn)新病毒、 病毒感染預(yù)警和控制的有力手段，在病毒的起源和進(jìn)化模式、遺傳多樣性和地理分布等研究方面也具有重要意義。
2 實(shí)驗(yàn)流程
3 樣本準(zhǔn)備
| 樣本類型 | 土壤/污泥 | 糞便 | 血液 |
| 樣本要求 | 1-5g | 1-5g | ≥2ml |
4 生信分析流程
5 分析內(nèi)容
| 序號(hào) | 分析項(xiàng)目 | |
| 1 | 數(shù)據(jù)質(zhì)控及基因集構(gòu)建 | 測序原始數(shù)據(jù)的預(yù)處理和質(zhì)控 |
| 2 | 高質(zhì)量序列的篩查過濾 | |
| 3 | 基于reads的物種多樣性分析 | 基于reads物種注釋統(tǒng)計(jì) |
| 4 | 基于reads物種分布圈圖 | |
| 5 | 基于reads物種豐度柱狀圖 | |
| 6 | 基于reads物種豐度聚類熱圖 | |
| 7 | 基于reads物種注釋的Alpha多樣性分 | |
| 8 | 基于reads物種注釋的Beta多樣性分析 | |
| 9 | 基于reads物種差異分析 | |
| 10 | 病毒的鑒定與物種注釋 | 基因預(yù)測與去冗余 |
| 11 | 基因功能注釋 | |
| 12 | 基于contig的物種多樣性分析 | 基于contig物種豐度柱狀圖 |
| 13 | 基于contig物種豐度聚類熱圖 | |
| 14 | 基于contig物種注釋的Alpha多樣性分析 | |
| 15 | 基于contig物種注釋的Beta多樣性分析 | |
| 16 | 基于contig物種差異分析 | |
| 17 | 基因功能差異分析 | KEGG數(shù)據(jù)庫注釋比較分析 |
| 18 | GO數(shù)據(jù)庫注釋比較分析 | |
| 19 | CAZY數(shù)據(jù)庫注釋比較分析 | |
| 20 | 相關(guān)性與關(guān)聯(lián)分析 | 相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)分析 |
| 21 | RAD/CCA分析 | |
| 22 | 相關(guān)性熱圖分析 | |