功能基因測序
1 技術(shù)簡介
借助合適的類群特異性引物，可以檢測菌群中特定種類/功能微生物的特征序列。通常我們做微生物分類測序項目使用的都是諸如16s/18s/ITS rRNA的可變區(qū)，經(jīng)過通用引物擴(kuò)增，比對RDP/silva/greengene等數(shù)據(jù)庫。這樣固然可以了解環(huán)境內(nèi)各類菌群的組成情況，但是卻不方便定向分析某些有特定功能的細(xì)菌菌群信息。比如了解環(huán)境內(nèi)含有固氮、氨氧化、硝化/反硝化等功能基因的菌群分布情況。 隨著測序技術(shù)的發(fā)展，科學(xué)家們也逐步的收錄了大量amoA、dsrB、nxrA、nifH等基因序列信息，并集結(jié)成數(shù)據(jù)庫。針對上述需求，公司可以提供大量不同的功能基因檢測服務(wù)。通過整合功能基因及測序接頭引物，進(jìn)行高通量測序，以滿足科研用戶多樣化的研究需求。
部分常見功能基因引物
| 功能基因 | 引物名稱 | 引物序列 | 長度 |
| 反硝化細(xì)菌nirS | cd3aF | 5'-GTSAACGTSAAGGARACSGG-3' | 400 bp |
| R3cdR | 5'-GASTTCGGRTGSGTCTTGA-3' | ||
| 反硝化細(xì)菌 | nirS4F | 5'-TTCRTCAAGACSCAYCCGAA-3' | 300 bp |
| nirS6R | 5'-CGTTGAACTTRCCGGT-3' | ||
| 固氮菌nifH | nifHF | 5'-AAAGGYGGWATCGGYAARTCCACCAC-3' | 450 bp |
| nifHR | 5'-TTGTTSGCSGCRTACATSGCCATCAT-3' | ||
| 固氮菌 | nifHForF | 5'-ACCCGCCTGATCCTGCACGCCAAGG-3' | 300 bp |
| nifHRevR | 5'-ACGATGTAGATTTCCTGGGCCTTGTT-3' | ||
| 亞硝酸鹽還原基因 | nirK1aCuF | 5'-ATCATGGTSCTGCCGCG-3' | 450 bp |
| nirKR3CuR | 5'-GCCTCGATCAGRTTGTGGTT-3' |
2 實驗流程
3 樣品準(zhǔn)備
| 樣本類型 | 土壤/污泥 | 糞便 | 血液 |
| 樣本要求 | 1-5g | 1-5g | ≥2ml |
4 生信分析流程
5 主要結(jié)果展示（部分）
