真菌基因組
1 技術(shù)簡(jiǎn)介
真菌屬于較低等的真核生物，種類(lèi)繁多，在自然界中分布廣泛。據(jù)估計(jì)，全世界約有150萬(wàn)種真菌，其中包含許多具有重要藥用價(jià)值和食用價(jià)值的有益真菌，同時(shí)也存在著大量能引發(fā)動(dòng)植物病害的致病菌。因此，合理利用有益真菌，控制和預(yù)防有害真菌對(duì)人類(lèi)的生產(chǎn)和生活具有重要的意義。而真菌基因組的闡明，將為真菌特性的分析提供重要依據(jù)。隨著高通量測(cè)序技術(shù)的成熟，基因組測(cè)序成本已大大降低，使得快速而經(jīng)濟(jì)的進(jìn)行真菌基因組測(cè)序成為可能，目前真菌基因組學(xué)研究已經(jīng)進(jìn)入了一個(gè)快速增長(zhǎng)時(shí)期。目前通過(guò)Illumina和Pacbio/ONT平臺(tái)測(cè)序并進(jìn)行de novo基因組組裝，即可獲得獲得真菌的基因組完成圖，基于HIC輔助組裝，可以得到真菌的基因組精細(xì)圖，并進(jìn)行深度生物信息挖掘。
2 實(shí)驗(yàn)流程
3 樣本準(zhǔn)備
| 樣本類(lèi)型 | 總量 | 濃度 | OD | 完整性（膠圖） | 純度 |
| 基因組DNA-Pacbio平臺(tái) | 3.5 μg | 80 ng/μl | OD260/280: 1.6-2.2 | 無(wú)降解或輕微降解（主峰在40K附近且彌散不低于20Kb） | 無(wú)蛋白，RNA/鹽離子等污染，樣本無(wú)色透明不粘稠 |
| OD260/230: 1.6-2.5 | |||||
| 基因組DNA-Nanopore平臺(tái) | 1 μg | 45 ng/μl | OD260/280: 1.8-2.2 | 無(wú)降解或輕微降解，基因組主峰在30K附近或以上，且彌散不低于20K | 無(wú)蛋白，RNA/鹽離子等污染，樣本無(wú)色透明、不黏稠 |
| OD260/230: 1.8-2.2 |
4 生信分析流程
5 分析結(jié)果展示（部分）
碳水化合物酶和木質(zhì)素降解酶基因拷貝數(shù)熱圖