細(xì)菌草圖&完成圖
1 技術(shù)簡(jiǎn)介
細(xì)菌全基因組從頭測(cè)序（Bacterial Whole Genome de novo Sequencing ），是指對(duì)基因組序列未知或無(wú)近緣物種基因組信息的某個(gè)物種，構(gòu)建不同插入片段的基因組DNA文庫(kù)并對(duì)文庫(kù)進(jìn)行測(cè)序，然后利用生物信息學(xué)方法進(jìn)行拼接、組裝和注釋，從而獲得該細(xì)菌的基因組序列圖譜。細(xì)菌全基因組de novo測(cè)序已然成為一種探究細(xì)菌生物學(xué)問(wèn)題的高性價(jià)比方法。通過(guò)二代測(cè)序，可以得到待測(cè)細(xì)菌基因組草圖（組裝完整度及連續(xù)性弱于細(xì)菌完成圖）；通過(guò)三代測(cè)序測(cè)序，可以獲知待測(cè)菌精細(xì)基因組及基因信息，為研究該菌株特有的生物學(xué)特征（致病機(jī)制，共生機(jī)制，獨(dú)有的代謝機(jī)制）提供分子生物學(xué)基礎(chǔ)；通過(guò)比較基因組分析，為研究菌株種內(nèi)及種間的功能差異、進(jìn)化關(guān)系提供理論指導(dǎo)。
2 實(shí)驗(yàn)流程
3 樣品準(zhǔn)備
短讀長(zhǎng)測(cè)序 | |||||
樣本類型 | 總量 | 濃度 | 完整性（膠圖） | 純度 | |
基因組DNA | 1 μg | 12.5 ng/μl | 主峰＞20Kb | 無(wú)蛋白，RNA/鹽離子等污染，樣本無(wú)色透明不粘稠 | |
長(zhǎng)讀長(zhǎng)測(cè)序 | |||||
樣本類型 | 總量 | 濃度 | OD | 完整性（膠圖） | 純度 |
基因組DNA-Pacbio平臺(tái) | 3.5 μg | 80 ng/μl | OD260/280: 1.6-2.2 OD260/230: 1.6-2.5 | 無(wú)降解或輕微降解（主峰在40K附近且彌散不低于20Kb） | 無(wú)蛋白，RNA/鹽離子等污染，樣本無(wú)色透明不粘稠 |
基因組DNA-Nanopore平臺(tái) | 1 μg | 45 ng/μl | OD260/280: 1.8-2.2 OD260/230: 1.8-2.2 | 無(wú)降解或輕微降解，基因組主峰在30K附近或以上，且彌散不低于20K | 無(wú)蛋白，RNA/鹽離子等污染，樣本無(wú)色透明、不黏稠 |
4 生信分析流程
5 分析結(jié)果展示（部分）
