動(dòng)植物基因組重測(cè)序
動(dòng)植物基因組重測(cè)序 動(dòng)植物基因組denovo測(cè)序 真菌基因組 細(xì)菌基因組 葉綠體基因組 線粒體基因組 病毒基因組動(dòng)植物基因組重測(cè)序
1 技術(shù)簡(jiǎn)介
動(dòng)植物全基因組重測(cè)序是指在一個(gè)物種的基因組已知的情況，對(duì)該物種的大量樣本進(jìn)行測(cè)序。將得到的序列信息和參考基因組比對(duì)，得到該物種的全基因組遺傳變異多態(tài)性進(jìn)行分析。基于變異位點(diǎn)信息，可在群體水平進(jìn)行分析和統(tǒng)計(jì)。自然群體，可以進(jìn)行功能基因的定位（GWAS）或?qū)υ撐锓N的遺傳進(jìn)化關(guān)系做出預(yù)測(cè)分析，估計(jì)生物種類的分化時(shí)間等；遺傳群體，可以進(jìn)行BSA測(cè)序或者構(gòu)建遺傳圖譜，進(jìn)行QTL定位等。
2 實(shí)驗(yàn)流程
3 樣品準(zhǔn)備
基因組 DNA樣品送樣建議
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樣品類型 |
總量 |
濃度 |
完整性 |
純度 |
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DNA |
≥1 μg |
≥12.5ng/μL |
無(wú)降解或輕微降解，主峰＞20Kb |
無(wú)蛋白，RNA/鹽離子等污染，樣本無(wú)色透明不粘稠 |
組織樣品判定標(biāo)準(zhǔn)
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組織類型 |
常規(guī)DNA小片段文庫(kù) |
PCR free文庫(kù) |
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新鮮培養(yǎng)細(xì)胞 (細(xì)胞數(shù)) |
≥5×106cell |
≥1×107cell |
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新鮮動(dòng)物組織干重 |
≥50mg |
≥300mg |
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新鮮植物組織干重 |
≥200mg |
≥800mg |
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全血（哺乳動(dòng)物） |
≥1 mL |
≥2 mL |
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全血（非哺乳動(dòng)物） |
≥0.5mL |
≥1mL |
4 生信分析流程
5 主要分析結(jié)果展示（部分結(jié)果）
1）自然群體分析結(jié)果展示
2）遺傳群體分析結(jié)果展示-BSA
SNP突變類型分析 ED關(guān)聯(lián)分析曼哈頓圖
候選區(qū)域內(nèi)基因通路分布圖
3）遺傳群體分析結(jié)果展示-遺傳圖譜
基因組和遺傳圖譜共線性分析 單倍體來(lái)源分析 連鎖標(biāo)記熱圖分析