動(dòng)植物基因組denovo測(cè)序
動(dòng)植物基因組重測(cè)序 動(dòng)植物基因組denovo測(cè)序 真菌基因組 細(xì)菌基因組 葉綠體基因組 線粒體基因組 病毒基因組動(dòng)植物基因組denovo測(cè)序
1 技術(shù)簡(jiǎn)介
基因組從頭測(cè)序（denovo sequencing），主要針對(duì)基因組序列未知或參考基因組組裝不理想的物種，構(gòu)建不同類型的基因組DNA文庫(kù)，并進(jìn)行序列測(cè)定。然后使用生物信息學(xué)方法對(duì)序列進(jìn)行拼接、組裝和注釋，從而繪制該物種完整的基因組序列信息。一般認(rèn)為，簡(jiǎn)單基因組為重復(fù)序列低于50%，且二倍體雜合度低于0.5%的物種；復(fù)雜基因組為重復(fù)序列高于50%，或二倍體雜合度高于0.5%，或其他多倍體物種。
2 實(shí)驗(yàn)流程
3 樣本準(zhǔn)備
平臺(tái) | 文庫(kù)類型 | 樣本量（基因組DNA） | 濃度 |
Nanopore PromethION | 20-40Kb library | ≥9μg | 90 ng/μl |
Ultra-long library(>40k) | ≥10μg | 150 ng/μl | |
PacBio Sequel II
| 15-20Kb HIFI library | ≥15μg | 80 ng/μl |
20-40kb CLR library | ≥7μg | 70 ng/μl | |
DNBSEQ | 350bp library | ≥1μg | 12.5 ng/μl |
StLFR library | ≥500ng | 1 ng/μl |
4 生信分析流程
5 主要分析結(jié)果展示
分析內(nèi)容
| 下機(jī)數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì) | 基因組組裝效果評(píng)價(jià) | 蛋白編碼的基因序列比對(duì) | 全基因組復(fù)制事件分析 |
| 數(shù)據(jù)質(zhì)控 | 基因組組裝完整性與連續(xù)性評(píng)估 | 基因組注釋 | 分歧時(shí)間估算 |
| 高質(zhì)量數(shù)據(jù)獲取 | 重復(fù)序列分析 | 雜合度分析 | 共有特有基因家族分析 |
| Survey分析 | 非編碼RNA預(yù)測(cè) | 染色體共線性分析 | LTR插入時(shí)間 |
| 基因組組裝 | 蛋白編碼基因預(yù)測(cè) | 基因家族擴(kuò)張和收縮分析 | 正選擇分析 |