空間轉(zhuǎn)錄組
1 技術(shù)簡介
10x Genomics Visium空間轉(zhuǎn)錄組可將完整組織切片中細(xì)胞的基因表達(dá)數(shù)據(jù)與其所在的空間位置信息相結(jié)合，在識(shí)別不同細(xì)胞群的同時(shí)保留其原有的空間位置，這有助于理解細(xì)胞如腫瘤微環(huán)境中細(xì)胞功能、表型和位置的關(guān)系，其廣泛應(yīng)用于神經(jīng)科學(xué)、發(fā)育生物學(xué)、腫瘤等多種研究領(lǐng)域。
2 技術(shù)流程
3 樣品準(zhǔn)備
產(chǎn)品名稱 | 質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn) | 樣本要求 |
10X空間轉(zhuǎn)錄組（冷凍組織） | 切片RNA RIN≥7.0 | 1.動(dòng)物組織：至少3個(gè)包埋塊/樣本，1份提取 RNA質(zhì)檢； 2.植物組織：8-10個(gè)包埋塊/樣（質(zhì)檢、切片厚度調(diào)整、捕獲區(qū)域確定） 3.長寬不宜超過6.5*6.5mm2，用7*7*5mm3包埋盒包埋皮膚、胰臟、骨類、軟骨等組織類型不建議接。 |
10X空間轉(zhuǎn)錄組（FFPE） | 切片RNADV200≥50% 組織粘附性高 | 僅適用于人或小鼠。至少需要3份石蠟塊，一份作為質(zhì)控。 |
4 生物信息分析流程
5 主要結(jié)果展示（只展示標(biāo)準(zhǔn)分析部分，具體項(xiàng)目具體分析，詳細(xì)請咨詢銷售）
標(biāo)準(zhǔn)分析
1. 測序結(jié)果統(tǒng)計(jì)
2. 數(shù)據(jù)質(zhì)控統(tǒng)計(jì)
3. 比對結(jié)果統(tǒng)計(jì)
4. 基因表達(dá)定量分析
5. Marker基因鑒定
6. 細(xì)胞類型注釋
7. 單樣本/多樣本細(xì)胞聚類分析
8. 特異marker基因差異分析
9. 樣本間相同cluster基因差異分析
10. cluster差異表達(dá)基因GO功能分析
11. cluster差異表達(dá)基因Pathway功能分析
12. cluster差異表達(dá)基因TF編碼能力預(yù)測
13. cluster差異表達(dá)基因蛋白互作分析
14. cluster基因相關(guān)性網(wǎng)絡(luò)分析
15. 表型和位置關(guān)系分析