單細胞轉(zhuǎn)錄組
1 技術(shù)簡介
單細胞轉(zhuǎn)錄組測序技術(shù)（scRNA-seq）是指在單個細胞水平上，對其轉(zhuǎn)錄組進行高通量測序分析的一項新技術(shù)。單細胞轉(zhuǎn)錄組測序能夠彌補傳統(tǒng)轉(zhuǎn)錄組測序（mRNA-seq：批量RNA測序，比較細胞群體所有細胞基因的平均表達值）的局限性，揭示單個細胞全基因組范圍內(nèi)所有基因的表達情況，包括鑒定的組織細胞類型，反映不同樣本間細胞的異質(zhì)性和組織微環(huán)境，讓我們更好了解一個Bulk組織中每一個細胞的真實狀態(tài)和關(guān)聯(lián)，呈現(xiàn)真實且全面的細胞世界。目前，單細胞轉(zhuǎn)錄組測序多用于腫瘤、發(fā)育、神經(jīng)、免疫微環(huán)境等復雜的多細胞系統(tǒng)。
2 技術(shù)原理
10X Genomics單細胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)基于微流體平臺，將帶有barcode、UMI（Unique Molecular Index，分子標簽）、引物及酶的凝膠珠（Gel Beads）與單細胞混合。其中，細胞和反應試劑在微流控芯片上的一條通道中，凝膠珠在另一條通道，共同形成GEM。在每個GEM中獨立進行反轉(zhuǎn)錄，之后帶有標簽的 cDNA 將被混合然后擴增再進行文庫構(gòu)建，然后使用Illumina測序平臺對文庫進行測序檢測，即可一次性獲得大量單細胞的基因表達數(shù)據(jù)，通過文庫序列上的細胞標簽序列可以區(qū)分目標序列來自于哪一個細胞，從而實現(xiàn)在單細胞水平進行轉(zhuǎn)錄組測序的目的。
圖1. 10X 單細胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理
DNBelab C4是基于負壓的液滴微流控系統(tǒng)，通過引入自主專利的液滴標簽技術(shù)（Disc-seq: Droplet-indexed high-throughput single-cell sequencing），將帶有標簽的捕獲磁珠與單個細胞或者細胞核包裹在液滴中，采用Droplet index 的技術(shù)實現(xiàn)磁珠的超泊松分布，在液滴中完成細胞裂解和捕獲mRNA或DNA分子及用于識別來自同一液滴磁珠的標簽序列，對 cDNA 和 Droplet index 進行文庫構(gòu)建和測序，即可一次性獲得大量細胞的基因表達或染色質(zhì)開放區(qū)基因信息。此技術(shù)與常規(guī)液滴單細胞測序技術(shù)如 Drop-seq 平臺 1%-3% 的細胞回收率相比，回收率提高至30%-60%，顯著提高了細胞的利用率，降低了單次細胞投入量。
圖2. DNBelab C4 單細胞轉(zhuǎn)錄組技術(shù)原理
3 樣品準備
4 項目經(jīng)驗
5 生信分析流程
6 主要結(jié)果展示（只展示標準分析部分，具體項目具體分析，詳細請咨詢銷售）
