全基因組甲基化（WGBS）
1 技術(shù)簡(jiǎn)介
全基因組重亞硫酸鹽測(cè)序（Whole Genome Bisulfite Sequencing, WGBS）是基于重亞硫酸鹽處理的甲基化分析方法，首先通過(guò)重亞硫酸鹽對(duì)樣本DNA進(jìn)行處理，將未甲基化的C堿基轉(zhuǎn)化為U堿基，而甲基化的C堿基不會(huì)改變，進(jìn)行PCR擴(kuò)增后U堿基會(huì)變成T，與原本甲基化的C堿基區(qū)分開(kāi)，再結(jié)合高通量測(cè)序技術(shù)，可繪制單堿基分辨率的全基因組DNA甲基化圖譜。技術(shù)優(yōu)勢(shì)有：可精確分析每一個(gè)C堿基的甲基化狀態(tài)；可在全基因組水平上最大限度的獲取完整的甲基化信息，精確繪制全基因組甲基化圖譜；適用于所有具有參考基因組的物種，性價(jià)比高，相對(duì)于傳統(tǒng)BSP或MSP方法費(fèi)用少。
2 實(shí)驗(yàn)流程
3 生信分析流程
4 主要分析內(nèi)容（部分）
DNA甲基化富集峰區(qū)域的在基因中的分布
差異DNA甲基化區(qū)的GO（Gene Ontology）與信號(hào)通路分析
差異甲基化基因的聚類(lèi)分析
5 參考文獻(xiàn)
[1]Auclair G, Guibert S, Bender A, etal. Ontogeny of CpG island methylation and specificity of DNMT3methyltransferases during embryonic development in the mouse[J]. Genomebiology, 2014, 15(12): 545.
[2]Heller G, Topakian T, Altenberger C,et al. Next-generation sequencing identifies major DNA methylation changesduring progression of Ph+ chronic myeloid leukemia[J]. Leukemia, 2016,30(9):1861-1868.
[3]Yan H, Bombarely A, Xu B, et al. siRNAsregulate DNA methylation and interfere with gene and lncRNA expression in theheterozygous polyploid switchgrass[J]. Biotechnology for Biofuels, 2018, 11(1):208.