Chip-Seq
1 技術簡介
染色質(zhì)免疫共沉淀技術（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）是一種適用于研究蛋白質(zhì)與生物體細胞中 DNA 相互作用的經(jīng)典方法，將ChIP與第二代測序技術相結合的ChIP-Seq技術，能夠高效地在全基因組范圍內(nèi)檢測與組蛋白、轉(zhuǎn)錄因子等互作的DNA區(qū)段，研究體內(nèi)轉(zhuǎn)錄因子和靶基因啟動子區(qū)域直接相互作用的方法，對于調(diào)控蛋白在基因組上的結合靶點篩選、差異化表觀遺傳變異的原理揭示提供了重要的解決思路。
2 實驗流程
3 樣本準備
| 樣本類型 | 動物組織 | 植物組織 | 細胞/微生物 |
| 樣本量 | 個體較小動物如小鼠、雛雞、斑馬魚等肝臟、心臟、腦等組織：0.5~1g | 株系：3~5g | 10^7個 |
| 根系：5g以上 | |||
| 莖莖：3~5g | |||
| 個體較大動物如豬、牛、羊等肌肉、晚期胚胎等組織：2~3g | 葉片：3~5g | ||
| 果實：5g以上 | |||
| 種子：3~5g | |||
| 昆蟲等整只個體：2~3g | 花序、花蕊、花粉：1~2g | ||
| 樣本要求 | 速凍樣本（液氮） | 凍存時間較短（-80℃） | 無污染 |
| 處理方式 | 取樣后直接速凍 | 取樣后先交聯(lián)后速凍 | |
| 運輸方式 | 干冰寄送 | ||
4 生信分析流程
5 主要結果展示 （部分）
富集區(qū)域（Peaks）在基因組上的分布特征
兩個樣品中 Peaks 相關基因 Venn 圖
各基因區(qū)域上的特異基因分布圖
Peaks 相關基因的 go 富集分析
參考文獻
[1]. Li, H. et al. The sequence Alignment/Map format and SAMtools. Bioinformatics , 2078-2079 (2009).
[2]. Zhang, Y. et al. Model-based Analysis of ChIP-Seq (MACS). Genome Biology , 137 (2008).
[3]. Zong, W. et al. Genome-wide profiling of histone H3K4-tri-methylation and gene expression in rice under drought stress. Plant molecular biology , 175–188 (2013).
[4]. Jia, Y. et al. WEGO: a web tool for plotting GO annotations. Nucleic Acids Research , 293–297 (2006).
[5]. Kanehisa, M. & Goto, S. KEGG: kyoto encyclopedia of genes and genomes. Nucleic acids research , 27-30 (2000).
[6]. Thorvaldsdóttir, H., Robinson, J.T. & Mesirov, J.P. Integrative genomics viewer (IGV): high-performance genomics data visualization and exploration. Briefings in bioinformatics ,178-192 (2013).