外顯子測(cè)序
1 技術(shù)簡(jiǎn)介
外顯子組（約占基因組的1%）是某物種的基因組中所有外顯子區(qū)域的總和。外顯子組測(cè)序是指利用序列捕獲技術(shù)對(duì)全基因組外顯子區(qū)域的DNA序列進(jìn)行富集然后再進(jìn)行高通量測(cè)序的方法。該方法能夠獲得指定外顯子捕獲平臺(tái)探針設(shè)計(jì)區(qū)域及側(cè)翼200bp左右的遺傳信息，極大的提高了人類基因組中外顯子區(qū)域的研究效率，顯著降低了研究成本。主要用于識(shí)別和研究與疾病、種群進(jìn)化相關(guān)的編碼區(qū)域內(nèi)的結(jié)構(gòu)變異。結(jié)合公共數(shù)據(jù)庫(kù)提供的外顯子數(shù)據(jù)，有利于更好地解釋所得變異結(jié)構(gòu)之間的關(guān)聯(lián)和致病機(jī)理。
2 實(shí)驗(yàn)流程
DNA樣品 | 組織樣品 | 組織樣品保存和運(yùn)輸指南 |
無(wú)蛋白污染； 無(wú)RNA/鹽離子污染； 樣品無(wú)色透明不粘稠的DNA； 1. 樣品總量≥1μg； 2. 樣品濃度≥12.5ng/μL； 3. 完整性：主峰＞20Kb | 新鮮培養(yǎng)的細(xì)胞：細(xì)胞數(shù)≥5×106cell | 液氮速凍法：離心后液氮速凍，-80°保存，干冰寄送 |
新鮮動(dòng)物組織干重 ：≥50mg | 1. 液氮速凍法：分割成50mg小塊后，液氮速凍，放入干凈的帶螺紋旋蓋的保存管中。-80°保存，干冰寄送。 2. 商業(yè)核酸保護(hù)液保護(hù)法：嚴(yán)格按照說(shuō)明書(shū)操作，組織厚度保持在5mm左右，活體組織離體后建議3分鐘內(nèi)液氮速凍。 | |
全血（哺乳動(dòng)物）：≥1 mL | EDTA抗凝管采集。新鮮采集的用移液器轉(zhuǎn)移至2ml的離心管，足量冰袋或者干冰寄送；冷凍血液，干冰寄送。 | |
唾液：≥1mL | 商業(yè)核酸保護(hù)液保護(hù)法： 推薦DNA Genotek公司的Oragene.DISCOVER(OGR-500)(For Research)或Oragene.Dx(OGR-500)(For Diagnostics) collecton kit | |
FFPE ：≥ 10 片，未染色，100 mm2，5 ~ 10μm厚度 | 要求有核細(xì)胞數(shù)量80%以上，腫瘤細(xì)胞含量70%以上，常溫保存寄送。 |
4 生信分析流程
5 標(biāo)準(zhǔn)分析（具體項(xiàng)目具體分析，詳細(xì)請(qǐng)咨詢銷(xiāo)售）
1）數(shù)據(jù)質(zhì)控：去除接頭污染和低質(zhì)量數(shù)據(jù)
2）與參考序列進(jìn)行比對(duì)、統(tǒng)計(jì)測(cè)序深度及覆蓋度
3）SNP／InDel／CNV 檢測(cè)、注釋及統(tǒng)計(jì)