宏病毒檢測
1 技術(shù)簡介
病毒宏基因組測序又稱宏病毒組（Virome），是在宏基因組學(xué)理論的基礎(chǔ)上，結(jié)合現(xiàn)有的病毒分子生物學(xué)檢測技術(shù)而興起的一個新的學(xué)科分支。宏病毒組直接以環(huán)境中所有病毒的遺傳物質(zhì)為研究對象，能夠快速準(zhǔn)確的鑒定環(huán)境中所有的病毒組成，是一種發(fā)現(xiàn)新病毒、 病毒感染預(yù)警和控制的有力手段，在病毒的起源和進化模式、遺傳多樣性和地理分布等研究方面也具有重要意義。
2 實驗流程
3 樣本準(zhǔn)備
| 樣本類型 | 土壤/污泥 | 糞便 | 血液 |
| 樣本要求 | 1-5g | 1-5g | ≥2ml |
4 生信分析流程
5 主要分析內(nèi)容
| 標(biāo)準(zhǔn)分析 | 解決問題 |
| 病毒基因組拼接 | 獲得樣品中全部病毒的序列。 |
| Taxonomic分析 | 獲得序列的物種注釋信息。 |
| 病毒序列統(tǒng)計分析 | 對病毒含量進行相對定量。 |
| 雙鏈RNA分析 | RNA病毒在復(fù)制過程中形成復(fù)制中間體，即會形成dsRNA的結(jié)構(gòu)。因此預(yù)測具有編碼能力的雙鏈RNA，可以尋找出與NCBI病毒數(shù)據(jù)庫中極低相似性的病毒序列。提取未匹配到任何序列的contig，使用開發(fā)軟件對這部分contig進行預(yù)測，篩選具有編碼蛋白的雙鏈RNA contig作為潛在的未知病毒序列。 |
| 雙鏈環(huán)狀RNA預(yù)測 | 類病毒采用滾環(huán)復(fù)制的方式進行擴繁，也會形成dsRNA的結(jié)構(gòu)。因此預(yù)測環(huán)狀的雙鏈RNA，可以尋找潛在的類病毒。 |